Potrzebę budowy linii kolejowej z Krakowa do Zakopanego dostrzegało już Towarzystwo Tatrzańskie, założone w 1873 r., a formalnie działające od 1874 r. Nie miało jednak wystarczających funduszów do starania się o koncesję na budowę mimo, że w 1884 r. doprowadzono kolej do Chabówki. W latach 80. XIX w., dzięki rozwojowi i promocji, Zakopane z inicjatywy dra Tytusa Chałubińskiego i Towarzystwa Tatrzańskiego, zyskało status Stacji Klimatycznej (1886). Trzy lata później dobra zakopiańskie kupił Władysław hr. Zamoyski, który niezwłocznie podjął kroki w celu uzyskania zgody na budowę kolei z Chabówki do Zakopanego. Jednak w 1892 r. c.k. Ministerstwo Handlu, nadzorujące sprawy kolejnictwa, wbrew staraniom Zamoyskiego, udzieliło rocznej koncesji na projekt kolei lokalnej Michałowi Aderowi, Apolinaremu Dziewulskiemu oraz firmie Goldlust i Sp. w Krakowie. Nie wykonali oni jednak żadnych prac związanych z projektem kolei.
Jak pisał Maciej Panasiewicz:
… W kręgach rządowych trwały dyskusje na temat programu rozbudowy sieci kolejowej Galicji w oparciu o prywatne koleje lokalne – znaczenia miejscowego, uwzględniając potrzeby rynków lokalnych oraz łączących się z kolejami już istniejącymi. Ostatecznie ustawa „o popieraniu kolei niższorzędowych” została uchwalona 17 lipca 1893 roku. Budowane na jej podstawie koleje lokalne z założenia miały charakteryzować się gorszymi parametrami technicznymi, co pozwalało obniżyć koszty budowy do niezbędnego minimum. [Maciej Panasiewicz: Historia powstania kolei z Chabówki do Zakopanego. „Almanach Nowotarski” 2006, nr 6].
Uchwalenie ustawy pozwoliło Zamoyskiemu ponownie podjąć starania o budowę kolei z Chabówki do Zakopanego za zgodą i przy wsparciu finansowym państwa. 15 marca uzyskał on od Ministerstwa Handlu przedwstępną koncesję.
… Zlecił więc opracowanie „wstępnego projektu” kolei lokalnej Chabówka–Zakopane. Dla ograniczenia kosz- tów związanych z uruchomieniem i eksploatacją zapro- ponował budowę kolei wąskotorowej. Omawiany pro- jekt wpłynął do Wydziału Krajowego 29 I 1894 r. [M. Pa- nasiewicz: Historia powstania kolei…, dz. cyt., s. 52]
Wykonawcą projektu był inż. Edward Uderski. Zofia Nowak, w swoim drobiazgowym opracowaniu, twierdzi, że:
… Uderski do jesieni ukończył swój projekt wstępny i przedłożył go Wydziałowi Krajowemu wraz z potrzebnymi mapami i rysunkami technicznymi. [Zofia Nowak: Zasługi Władysława Zamoyskiego dla budowy kolei Chabówka–Zakopane. „Pamiętnik Biblioteki Kórnickiej 1988”, z. 22, s. 42]
W dniach od 27 do 30 listopada tegoż roku odbyły się oględziny trasy przyszłej kolei. Wyniki prac komisji zawarte zostały w dokumencie datowanym na 19 stycznia 1895 r., w którym c.k. Ministerstwo Wojny zażądało wybudowania kolei normalnotorowej, a przynajmniej na odcinku Chabów- ka–Nowy Targ. Zamoyski rozpoczął pertraktacje z władzami w sprawie utrzymania pierwotnych założeń. Nie czekając na ich wynik, Sejm Krajowy uchwalił 8 lutego 1895 r. ustawę ze- zwalającą na budowę kolei lokalnych w Galicji, w tym również wąskotorowej Chabówka–Zakopane. Mimo, że ustawa zosta-
ła podpisana 19 czerwca tegoż roku przez cesarza Franciszka Józefa, Ministerstwo Wojny nie podtrzymało pierwotnego stanowiska. Nie czekając na rozwiązanie sporu Wydział Kra- jowy – zapewne dzięki wsparciu dyrektora Krajowego Biura Kolejowego, inż. Kazimierza Zaleskiego – udzielił Zamoyskie- mu zgody na opracowanie projektu szczegółowego, który hrabia zlecił inż. Marcelemu Smoleńskiemu, ściągniętemu z Tyrolu. Prace w terenie związane z trasowaniem wykonano od sierpnia do października, w czym Smoleńskiemu pomagał inż. Wincenty Olewiński ze Lwowa.
Zanim projekt ukończono, Ministerstwo Handlu zwróciło się do Wydziału Krajowego o podanie szczegółowych obliczeń dla kolei normalnotorowej na odcinku Chabówka–Nowy Targ. W połowie stycznia 1896 roku przedłożono w ministerstwie opracowany przez Krajowe Biuro Kolejowe projekt wraz ze szczegółowym kosztorysem. W międzyczasie sprawy kolejnictwa przejęło od Ministerstwa Handlu – Ministerstwo Kolei Żelaznych. 2 marca Krajowe Biuro Kolejnictwa przedłożyło w imieniu Zamoyskiego w tymże ministerstwie projekt szczegółowy kolei wąskotorowej oprac. przez inż. M. Smoleńskiego z prośbą o zarządzenie komisji reambulacyjnej, w celu weryfikacji projektu w terenie. Mimo pozytywnej opinii c.k. Ministerstwa Kolei Żelaznych (10 III 1896) oraz zgody c.k. Ministerstwa Wojny (18 V 1896) „na budowę wąskotorowego szlaku Chabówka–Nowy Targ, pod warunkiem, że przy budowie zostaną zastosowane wszelkie środki techniczne, umożliwiające przebudowę na tor normalny”, dalsze rokowania koncesyjne nie doszły do skutku, ze względu na rozważanie możliwości połączenia Nowego Targu z Kralovanami na Węgrzech (kolej Koszycko-Bohumińska).
Krajowe Biuro Kolejowe przedstawiło wówczas Wydziałowi Krajowemu opinię, że:
W sprawie połączenia galicyjskiej kolei transwersalnej (stacja w Chabówce) z koleją Koszycko-Bohumińską, najkrótszą i najtańszą byłaby kolej, która wychodząc z Chabówki lub jednego z punktów położonych pomiędzy Chabówką, a Jordanowem, prowadziłaby doliną Skawy ku granicy węgierskiej, a stamtąd doliną Orawy i Orawicy do Twardoszyna i ponownie doliną Orawy do Kralovan. [M. Panasiewicz: Historia powstania kolei…, dz. cyt., s. 53–54]
Argumenty musiały przekonać rząd centralny w Wiedniu, skoronaposiedzeniu Izbydeputowanych 2 października 1896 r. zagwarantował tytułem udziału państwa w wydatkach inwestycyjnych na r. 1897 kwotę 1 300 000 złr., przeznaczoną na pokrycie zwiększonych kosztów inwestycyjnych wynikających z planowanej budowy normalnotorowego – zamiast wąskotorowego – szlaku Chabówka–Nowy Targ. W tej sytuacji inż. Zalewski i marszałek Badeni, licząc na zgodę Zamoyskiego, powierzyli natychmiastowe wykonanie projektu kolei normalnotorowej inż. W. Olewińskiemu, który miał w swej pracy wykorzystać w dużej mierze projekt szczegółowy kolei wąskotorowej.
Nowy projekt Wincenty Olewiński ukończył 15 grudnia 1896 r. 15 lutego 1897 r. sejm galicyjski po raz kolejny zmienił poprzednie uchwały (8 II 1895 i 8 II 1896), przyjmując, że kolej Chabówka–Zakopane będzie normalnotorowa, a kapitał zakładowy ustalono na 2 900 000 złr. Rokowania przebiegały sprawnie i 19 maja podpisano w ministerstwie protokoły koncesyjne. Jednak dopiero w październiku przesłano je do Wiednia, gdy cesarz zatwierdził lutowe uchwały sejmu galicyjskiego. W międzyczasie Zamoyski ciężko zachorował na tyfus. Ostatecznie 4 listopada „otrzymał w końcu upragnioną koncesję na budowę i eksploatację normalnotorowej kolei żelaznej z Chabówki przez Nowy Targ do Zakopanego”. [M. PANASIEWICZ: Historia powstania kolei…, dz. cyt., s. 53–54]
Najstarszy obiekt dworca kolejowego wybudowano w 1899 r., a budowa kontynuowana była do 1901 r. W tym czasie powstały: kompleks dwóch budynków piętrowych połączonych parterową przewiązką oraz wolnostojący budynek obecnie na narożniku drogi dojazdowej do dworca i ul. Chramcówki. Zostały one wzniesione na terenie ofiarowanym przez Władysława hr Zamoyskiego wg proj. Henryka Starcka.
Dzieje dworca związane są z rozwojem węzła kolejowego w Zakopanem. Został on rozbudowany w latach 1937–1939 z okazji Narciarskich Mistrzostw Świata FIS, a autorem projektu był inż. Zenon Thienel z Politechniki Lwowskiej. Dobudowę parterowej części obejmującej restaurację oraz część socjalną, „dowiązano” do kompleksu pierwotnych budynków i poprowadzono w kierunku wolnostojącego budynku piętrowego. W latach 70. XX w. nadbudowano pierwotną parterową przewiązkę kondygnacją I piętra. Kompleks dotrwał do dzisiejszych czasów z wprowadzonymi w latach 1937–1939 i w latach 70. zmianami.
Obiekt reprezentuje typowy dla okresu powstania typ architektury eklektycznej, charakterystycznej dla galicyjskiej prowincji. Dobudowana w latach 1937–1939 część nosi pewne znamiona architektury funkcjonalnej.