Projekt kościoła wyk. w r. 1876 warszawski architekt Józef Pius Dziekoński. Dokumentację sfinansował i ofiarował parafii dr Tytus Chałubiński. Budowę rozpoczęto 12 VIII 1877 r. Prace murowe, pod kier. majstra Uznańskiego, rozpoczęto w październiku. Z powodu trudności finansowych budowa przebiegała bardzo wolno. Do 1880 r. wykonano fundamenty, przez następne trzynaście lat wznoszono ściany. Po śmierci księdza Stolarczyka w r. 1893, budowę kontynuował ks. Kazimierz Kaszelewski. Ostatecznie ukończono ją w r. 1896.
Początkowo planowano urządzenie wnętrza w stylu zakopiańskim, do czego namawiał Stanisław Witkiewicz, który w l. 1895–96 zaprojektował 2 ołtarze do bocznych kaplic, witraże, konfesjonały, ławki, wrota wejściowe, kraty kaplic, a także pełny wystrój kaplicy św. Jana Chrzciciela oraz zakrystii. W latach 1896–1897 wykonano ołtarz Matki Boskiej Różańcowej (figury wyk. Jan Nalborczyk, ornamenty Wojciech Brzega) oraz wyposażenie kaplicy (1896), belkę tęczy (Józef Gąsienica Szostak), 12 witraży, 2 konfesjonały, ławki, kute kraty kaplic bocznych, troje drzwi wejściowych oraz sprzęty do zakrystii.
W 1897 r. ks. Kaszelewski zrezygnował z usług Witkiewicza, który zajmował się od tego czasu wyłącznie realizacją kaplicy św. Jana Chrzciciela. Zaprojektowany przez Witkiewicza ołtarz do kaplicy Najświętszego Serca Jezusowego wykonała Szkoła Przemysłu Drzewnego pod kierunkiem ówczesnego dyr. Edgara Kovátsa. Niestety z pierwotnego zamysłu Witkiewicza niewiele pozostało. Wg projektów Edgara Kovátsa wykonane zostały ołtarze do naw bocznych – św. Antoniego i św. Franciszka, reprezentujące tzw. „sposób zakopański”. W nawach bocznych Stacje Drogi Krzyżowej z 1860 r., zostały namalowane przez myślenickiego artystę Sebastiana Stolurskiego. W latach 1897–1899 wykonana została wg proj. Stanisława Witkiewicza kaplica św. Jana Chrzciciela, ufundowana przez Zygmunta Gnatowskiego. Obraz w ołtarzu namalowany przez Stanisława Witkiewicza, ornamenty snycerskie wykonane przez Józefa Kasprusia Stocha. Pierwotna tkanina przykrywająca mensę ołtarzową wykonana w pracowni tkackiej Izy Kronhelmowej. Na pn ścianie tablica stiukowa wykonana przez Wojciecha Brzegę, z płaskorzeźbionym portretem Zygmunta Gnatowskiego.
W latach 1898–1899 wyrównano teren wokół obiektu i ogrodzono go. W sierpniu 1899 r. umieszczono na wieży kościelnej zegar. Świątynię poświęcił 16 IX 1899 r. ks. biskup Jan Puzyna. W latach 1900–1901, w pracowni kamieniarskiej krakowskiego rzeźbiarza S. Cekiery, wyk. czternaście kamiennych płaskorzeźbionych tablic drogi krzyżowej, które wmontowano w ogrodzenie. Ołtarz wyk. w r. 1903 krakowski rzeźbiarz Kazimierz Wakulski. Sklepienie nad prezbiterium ozdobiła polichromia mal. przez ucznia Jana Matejki, Piotra Nizińskiego. W okresie międzywojennym zakupiono do kościoła organy czechosłowackiej firmy Rieger-Karmów (1928), ściany i strop nawy głównej przystrojono polichromią Janusza Kotarbińskiego (1932–1934), który zaprojektował też dwa witraże w prezbiterium (1933). Jedna ze scen polichromii przedstawia Władysław hr. Zamoyskiego z Bratem Albertem. Prace te wykonano z inicjatywy ówczesnego proboszcza, ks. Jana Tobolaka, a sfinansowała je Fundacja Kórnicka.