W roku 1889, gdy Władysław hr. Zamoyski kupił dobra zakopiańskie, zapewne planowano przeniesienie Szkoły Domowej Pracy Kobiet z Kalwarii Zebrzydowskiej do Zakopanego. Zanim jednak przeprowadzono modernizację i rozbudowę omawianego obiektu, szkołę ulokowano w „Adasiówce” Róży hr. Raczyńskiej (1 voto Krasińskiej), kuzynki Zamoyskiego. Do remontu przystąpiono w 1890 r. Podczas modernizacji zmieniono w przyziemiu i na parterze wszystkie okna. Zanim prace budowlane zostały ukończone, w połowie lipca 1891 r. szkoła została przeniesiona do nowej siedziby.
Wszystkie modernizacje i inwestycje odbywały się w kolejnych latach. W 1893 urządzono pracownię introligatorską w suterynach. W 1894 r., zapewne z powodu zbyt pospiesznie wykonanych prac budowlanych pojawiło się w dolnych pokojach zagrzybienie. Wreszcie w 1898 r. nie tylko uporządkowano sam budynek, ale także jego otoczenie. Praca nad utrzymaniem ogrodu była mozolna i wymagająca permanentnego wysiłku. Jednakże ogrodem położonym na wysokości ponad 1000 m n.p.m. Zakład mógł się chlubić. Najbardziej interesujący nas problem to czas nadbudowy obiektu. Z zachowanych fotografii można wnioskować, że „kapliczkowe” otwarcia dachowe pojawiły się w połaci północnej ok. 1905 r. Taka bryła architektoniczna obiektu przetrwała do okresu okupacji.
O powstaniu zabudowy folwarcznej za czasów Zomoyskiego niewiele wiadomo, bowiem nie zachowały się żadne przekazy piśmienne. Można jednak prześledzić rozwój zabudowy Kuźnic w tym czasie na podstawie licznych zdjęć robionych z Nosala, a także materiałów planistycznych (mapa katastralna z 1900 r.). Na podstawie analizy powyższych materiałów spichlerz można datować na ok. 1895 r. W tym czasie był to jeszcze niewielki budynek piętrowy z dachem przyczółkowo-naczółkowym, obcy ludowej tradycji, ale o niezwykle pięknych proporcjach. Rozbudowa budynku musiała nastąpić już po I wojnie światowej, co również potwierdzają zachowane fotografie archiwalne. Powyżej spichlerza, wzdłuż Bystrej, ulokowane też były inne obiekty gospodarcze, a także szwalnia szkolna.
Likwidacji uległa karczma, natomiast w budynku dawnej modelarni powstała gospoda, w której w ramach zajęć praktycznych usługiwały uczennice szkoły, tj. „czepculki”, jak je popularnie zwano. Zarząd dóbr, dążąc do zaspokojenia potrzeb licznej rzeszy pracowników we własnym zakresie, zorganizował wytwórnię mydła, piekarnię, drukarnię, a nawet wprowadził wewnętrzną monetę obiegową.
Jak zauważył Stefan Żychoń, przemiany w funkcji Kuźnic nie stworzyły podstaw do zmiany układu przestrzennego. Jego zdaniem zanik produkcji powoduje stopniowe obumieranie niektórych części osady. Porównując mapę katastralną z 1900 r. z wcześniejszą o ponad pięćdziesiąt lat daje nam obraz zmian w 2. poł. XIX w. W zabudowie największe różnice zachodzą w północnej części związanej pierwotnie z osiedlem robotniczym, gdzie liczba budynków wzrosła niemal trzykrotnie. Z kolei w ośrodku dworskim liczba obiektów nieznacznie zmalała, a część z nich — sądząc po obrysach została przebudowana. Część uległa likwidacji, a pojawiły się też nieliczne nowe, o czym była już mowa. Najmniejsze zmiany przestrzenne dostrzec można w dawnej części przemysłowej, choć z kolei tu nastąpiły największe zmiany funkcjonalne.
W systemie wodnym różnice są nieznaczne, większe natomiast nastąpiły w obrębie koryta potoku Bystra, który od 1899 r. był regulowany. Bardzo skromna sieć dróg uległa niewielkiej rozbudowie, gdzie przeprowadzono połączenie od dawnej modelarni (tj. restauracji), aż do zabudowań gospodarczych. Wiązało się to z funkcjonowaniem szkoły. Na początku XX w. w celu odizolowania obiektów szkolnych i mieszkalnych od rosnącego ruchu na głównej drodze, zmieniono jej trasę w górnym odcinku. Likwidacji uległ system wodny dawnych młotów i walcowni, natomiast zachowano doprowadzenie do obu papierni (w górnej urządzono elektrownię).
Zmiany, które zaistniały po objęciu dóbr przez Zamoyskiego,
jak również jego działalność społeczna i dobroczynna, były dostrzegane przez
współczesnych, choć nie wszyscy je doceniali. Znane było jego zaangażowanie w
doprowadzenie w 1899 r. kolei do Zakopanego, głośne wygranie w 1902 r. sporu o
Morskie Oko, czy poparcie inicjatywy budowy wodociągów na początku XX w.
Kuźnice z tego okresu opisał ponownie Stanisław Witkiewicz w publikacji Po
latach:
Są miejsca, które pod wpływem nowych stosunków uległy tak radykalnej zmianie przeznaczenia i użytku, iż może się zdawać, że nie kilkanaście lat, lecz jakie pół wieku przeszło nad nimi. Takim miejscem są Kuźnice. Poza gospodarczym ładem, który zastąpił dawniejszą ruinę, jest tam coś, co wychodzi poza normalne i pospolite interesy i stosunki. W dawnym budynku administracji dominialnej, w który w ostatnich czasach była karczma — dziś mieści się Zakład pani generałowej Zamoyskiej. […] Ze swego przeznaczenia i kierunku wychowawczego zakład ten nie wywiera jednak wpływu na bezpośrednie otoczenie, na byt ludu góralskiego. Jego cele i środki, przystosowane do innych warunków gospodarczych, do innego poziomu kultury, jak jego strona umysłowa do innej sfery życia, oddzielone są przepaścią zbyt głęboką od dzisiejszego poziomu życia Górali. Nie oddziaływając na życie w sferze najbliższej, promieniuje on daleko w Polskę, poza podtatrzańskie ludzkie siedziby. Jakikolwiek sąd może wydać życie o systemie wychowawczym tam przyjętym, jakiegokolwiek charakteru i znaczenia wpływ społeczny wywierają te setki kobiet w nim wychowywanych, co się dziś jeszcze może nie da określić, pewnym jest jednak, że najgłębsza cześć należy się wzniosłej duszy, która to ognisko wyższych dążeń zapaliła w głębi mrocznego jaru tatrzańskiego [S. Witkiewicz: Po latach [w:] tenże: Na przełęczy. Lwów 1906].
Już w XIX w. Kuźnice pełniły funkcję bramy turystycznej w Tatry. W miarę rozwoju Zakopanego i stopniowej zmiany jego funkcji z „letniej stolicy Polski” na „zimową”, coraz wyraźniej Kuźnice zaczęły pełnić też funkcję przedpola sportów zimowych (baza wypadowa), a po wybudowaniu toru bobslejowego w 1913 r. także ośrodka saneczkarstwa. Inwestycje tego typu przyspieszały zacieranie śladów po obiektach związanych z hutnictwem żelaza.